Shinji est le fils de Gendo Ikari, le commandant de la NERV. Pourtant il ne bénéficie d'aucun privilège (au contraire) au sein de la NERV. Shinji est un éternel dépressif. Il ne veut pas rendre malheureux ses proches alors il préfère rester seul plutôt que de souffrir ("dilemme du porc-épic"). Sa mère est morte en 2004 au cours d'une expérience d'activation d'eva en fusionnant à jamais avec l'EVA-01. Grâce à ça (mais il ne le sait pas au début), Shinji est très bon pilote et il obtient un taux de synchro très haut (40 % la première fois). L'EVA-01 réagit avec Shinji même sans être inséré dans l'Entry-Plug.  

Shinji vit dans l'appart de Misato. Il supporte difficilement ses attitudes puérilles. C'est lui qui fait preuve par moment de plus de maturité qu'elle. La relation Shinji-Misato est assez compliquée puisqu' il la considère tour à tour comme sa supérieure, une mère qu'il n'a très peu connu et une logeuse indélicate. Misato a une relation avec Shinji qui se révelera encore plus ambigue. Par contre sa relation avec Asuka est sans ambiguité : Il la déteste tout simplement ! Il se laisse tout le temps rabaisser par elle, ce qui renforce son animosité. La relation Rei-Shinji est aussi ambigue. Shinji est impressionné par Rei et il voudrait la connaitre un peu plus mais il n'arrive qu'à balbultier 2 mots à son intention (comme dans l'épisode 5).  

La relation Shinji-Gendo est la plus violente. Shinji déteste son père pour son dédain qu'il a pour lui, son manque d'intéret et tout simplement parce que Gendo est un personnage haïssable. Lorsqu'il est absorbé dans le "champ Dirac" généré par Leliel (l'ange n°12). Il reste plusieurs heures plongé dans un rève où il revoit tous les anges qu'il a dû combattre avec les mots "Téki Téki Téki Téki" (ennemi) en message quasi-subliminal  puis les images des anges sont peu à peu remplacées par celle de son père... Gendo met son fils à rude épreuve: La première fois lorsqu'il le revoit depuis 3 ans; la deuxième lorsqu'il ordonne de faire monter la pression dans l'Entry Plug pour assomer Shinji; la troisième lorsqu'il met Shinji en prison.  

Shinji démissionnera 2 fois de la NERV: après le combat contre Shamshel (ange n°4) parce qu'il a subit un choc psychologique et la deuxième fois après la boucherie contre Bardiel (l'ange n°13) car il a blessé son ami Toji (bien que ce ne soit pas sa faute).  
Shinji est un gentil, il est docile, pas contrariant et il se sous-estime toujours mais en fait il est quand même très fort. Shinji ne sait pas pourquoi il pilote: Au début, c'est parce qu'il s'appitoie pour Rei 0001. Ensuite c'est pour que son père l'estime mais en définitve c'est pour se prouver qu'il peut prendre ses responsabilités (épisode n°19). Après l'épisode 20, son comportement change mais il se replie toujours sur lui-même.

Dans l'épisode 19, Shinji atteint 400% de synchro avec l'EVA-01 et il se retrouve absorbé par l'eva. Là il "rencontre" l'esprit de sa mère dans un rève qui durera 33 jours.