Son passé n'est pas très clair. En 1999, il rencontre Fuyutsuki Kozo par l'intermédiaire de sa futur femme Ikari Yui. Gendo a des contacts avec la société secrète nommée SEELE. Après le Second Impact (dont Gendo réchappe en revenant de l'Antarctique un jour avant car il connaissait déjà la date par la SEELE), Yui, Fuyutsuki et Gendo avec ensuite Akagi Naoko travaillent sur Lilith dans le cadre de l'organisation GEHIRN chapeautée par l'ONU. Le but de GEHIRN est le "E-Project", le projet Evangelion. Après la disparition de Yui dans l'EVA-01, Gendo reprend en main GEHIRN mais il démarre un nouveau projet avec la SEELE : le Plan de Complémentarité de l'Homme. Une fois le super-computer MAGI fini, Akagi Naoko est "suicidée", GEHIRN est renommée NERV et elle est maintenant entièrement contrôlée par la SEELE.
Gendo méprise son fils Shinji mais je pense qu'il veut le mettre à l'épreuve. De toute façon, son fils ne fait pas partie de son plan personnel: Il compte rouler l'ONU, la NERV et la SEELE. Son plan inclut Rei et Lilith mais on ne sait pas comment. Gendo est déshumanisé à l'extrème. Dans l'épisode contre Sandalphon, lorsqu'un personnage du Comité lui rappelle qu'un échec signifierait l'anéantissement de l'Humanité, sa réaction est d'esquisser un sourire derrière ses mains croisées ! La seule personne pour laquelle il se soucie est Rei. Sa relation est d'ailleurs très étrange mais il faut bien avouer qu'il faut être un peu psychopathe pour cloner sa femme morte à plusieurs exemplaires... Ma phrase préférée de Gendo ? Je n'en ai pas, je préfère ses petits sourires assassins...