Misato fait partie de la Première Division de la Section Operation dans le Departement Tactique du QG de la NERV. Son but officiel est de lutter contre les Anges en dirigeant les pilotes des EVAs au combat. Son rôle est très important et d'ailleurs elle le mène avec brio. Son attitude au travail est très consciencieuse et il est interdit de discuter ses décisions. Jusqu'à présent, elle ne s'était pas trop posé de question. 

Par contre dans le privé, Misato est nettement plus drôle, relachée voire négligée (comme en temoigne son appartement...). Misato est une optimiste et elle veut toujours voir la vie du bon côté. Elle aime bien descendre des litres de bière. En fait son comportement superficiel (comme de s'inquiéter de l'état de sa robe pendant qu'un Ange est en train de détruire la ville) cache un grave trouble psychologique.
Lorsqu'elle avait 14 ans, Misato était sur les lieux du "Second Impact" le 13 Septembre 2000 en Antarctique car c'était son père qui dirigeait l'opération de recherche d'Adam (ainsi nommée L'expédition Katsuragi). Blessée à la poitrine (il lui reste une grosse cicatrice), son père (qu'elle a toujours détesté) la protègera dans une cellule de survie et elle sera la seule survivante. Elle restera 2 ans sans communiquer après ce drame. Suite à ça elle n'a qu'un but dans la vie : ANEANTIR LES ANGES. Cette obsession la conduit à traiter les pilotes comme des pions afin d'assouvir sa vengeance. Petit à petit, elle commence à se poser des questions au fil de la série en se demandant dans quel but ont été contruites les EVAs ou qui dirige vraiment la NERV.  Ses 2 meilleures amis sont Kaji et Ritsukoqu'elle connait de la FAC. Elle a couché avec Kaji à cette époque mais ils se sont séparés. Elle le revoit donc seulement en 2015 après 8 années de séparation.