Yui est la femme de Gendo. Elle l'a connu en 1999 alors qu'elle entreprenait des recherches sur la génétique et la bio-mecanique. Yui meurt à la suite d'une expérience de synchro avec l'EVA-01. Son corps disparait et son âme reste emprisonnée à jamais. Tant que Yui est vivante, le E-Project suit des plans bien établis. A partir du moment où ce sera Gendo qui reprendra le travail de sa femme, les objectifs vont changer. (clonage de Yui, Plan de complémentarité, mort de Naoko etc...)